كانت النشأة بداية بمركز الدراسات العليا بفرع جامعة القران الكريم والعلوم الإسلامية بودمدني في العام 2005م في دائرتين (دائرة العلوم الشرعية , ودائرة اللغة العربية) ثم بدأ المركز بالتطور شيئاً فشيئاً وفي العام 2008م وبعد قرار ترفيع الجامعة أصبح المركز كلية الدراسات العليا وتطورت الكلية بدوائرها المتخصصة في كليات الجامعة جميعها. فتوافد عليها طلاب العلم والباحثون داخل وخارج السودان في برنامج الدبلوم العالي والماجستير والدكتوراهـ.

عميد الكلية

أ.د محمد الفاتح زين العابدين أحمد (أكتوبر 2019م وحتى الآن)

العمداء السابقين

د. برير سعد الدين الشيخ السماني

أ.د آدم أبو القاسم أحمد اسحق